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刘海军

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刘海军, 博士, 助理研究员

地址:江苏省镇江市学府路301号, 212013,江苏大学生命科学研究院

E-mail: hjliu@ujs.edu.cn

我开发的软件

1. GenePlots v2.0Download

GenePlots是一个利用GenBank序列CDS(基因编码区)注释数据批量绘制基因结构图的工具,该软件简单、高效、使用方便。通过把基因的CDS注释数据以类FASTA格式组织起来,GenePlots可以按统一的标尺快速绘出大量的基因外显子-内含子结构,并可以更改颜色、整体缩放和显示内含子插入相位。基于该软件,研究人员可以很方便地观察比较同源基因或同族基因在序列结构上的保守或差异,研究其功能进化。

GenePlots是一个绿色免安装的Windows软件,利用Windows模拟器Wine,它也可以在Linux或Mac OSX操作系统上运行。具体使用方法请见软件包里的说明书。

2. Ultratranseq v1.5.5Download

Ultratranseq是一个高通量核酸序列翻译软件,它可以一次性把多条、多个文件甚至是多个文件夹的FASTA格式的核酸序列批量翻译成对应的蛋白质序列、序列文件或文件夹,该软件对于处理大批量的核酸序列翻译非常方便。Ultratranseq允许选择不同的开读框(ORF)进行翻译,并提供了19种密码子表以供选择,还可以根据规则自行添加其它的密码子表。

Ultratranseq是一个基于DOS的命令行式软件,具体使用方法请见软件包里的说明书。

我的简介

【教育背景】

2000.9-2005.10上海大学, 计算数学专业, 获理学博士学位.

1996.9-2000.7 兰州大学,自然地理专业, 获理学学士学位.

【工作经历】

2006.2-至今 江苏大学生命科学研究院, 助理研究员.

【研究兴趣】

1.计算分子生物学

2.基因组分析和分子进化

3.生物数据库利用开发及数据挖掘

【研究生课程】

《生物信息学》

【论文专著】

1.刘海军, 朱克明, 杨艳华, 陈克平. 基于Make2D-DB II构建水稻二维电泳-质谱联动数据库. 生物信息学, 2013, 11(2): 105-108.

2.刘海军, 陈克平. 利用EST序列构建Mascot本地数据库. 生命的化学, 2012, 32(3): 294-298.

3. Tian Li-xin, He Ying-huan, Liu Hai-jun, Du Rui-jin. A general evolving model for growing bipartitie networks. Physics Letters A, 2012, 376: 1827-1832.

4.刘晓勇, 刘海军, 陈克平, 姚勤. 利用Mascot程序与家蚕EST数据对质谱数据进行鉴定. 中国农业科学, 2010, 43: 2561-2569.

5.陆健, 刘海军, 姚勤, 王勇, 陈克平. 基于动态权重匹配的RNA折叠算法. 生物数学学报, 2008, 23(4): 743-749.

6. Liu Hai-Jun, Xu Dong, Shao Jian-Lin, Wang Yi-Fei. An RNA folding algorithm including pseudoknots based on dynamic weighted matching. Computational Biology and Chemistry, 2006, 30(1): 72-76.

7.刘海军, 忻健, 万虎, 王翼飞. GenExtractor: 基于Web的基因信息挖掘. 高技术通讯, 2006, 16(4): 395-398.

8. Yu Bin, Meng Xian-hua, Liu Hai-Jun, WANG Yi-Fei. Prediction of transmembrane helical segments in transmembrane proteins based on wavelet transforms. Journal of Shanghai University (English Edition), 2006, 10(4): 308-318.

9. Xu Dong, Liu Hai-Jun, Wang Yi-Fei. BSS-HMM3s: an improved HMM method for identifying transcription factor binding sites. DNA SEQUENCE, 2005, 16(6): 403-411.

10.刘海军, 史定华, 王翼飞. 日新月异的RNA二级结构预测. 自然杂志, 2003, 25(6): 314-322.

11.王翼飞, 史定华, 刘海军, 邵建林等著. 生物信息学—智能化算法及其应用. 北京: 化学工业出版社, 2006.5.

12.王翼飞, 刘海军, 徐东等译. 计算分子生物学—算法逼近. [美] 帕夫纳(Pevzner, P.A.)著. 北京: 化学工业出版社, 2004.

【计算机软件著作权】

1.刘海军, 施海峰, 刘晓勇, 张春霞, 陈克平. 大规模基因结构绘图与比较软件(GenePlots 2.0). 中华人民共和国, 计算机软件著作权, 2014SR031751, 2014年3月18日.

2.刘海军, 张春霞, 陈克平. Ultratranseq超级核酸序列翻译软件1.0. 中华人民共和国, 计算机软件著作权, 2011SR066770, 2011年09月19日.

3.刘海军, 忻健, 王翼飞. GenExtractor基因信息挖掘软件1.0. 中华人民共和国, 计算机软件著作权, 2005SR07939, 2005年01月31日.

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